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Richards D. Epidemiological studies on intestinal helminth parasites of rural and urban red foxes Vulpes vulpes parasitic helminth infection the United Kingdom. Veterinary Parasitology59, 39— Roberts M. Parasite community ecology and biodiversity. Hudson, A.

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Project Results: 4. WP 1 - Development and field application of innovative diagnostic tools Work parasitic helminth infection Leader: Janina Demeler, Vice-leader: Philip Skuce Background Most, if not all, of the currently available diagnostic tests to identify helminth infections in parasitic helminth infection and to detect anthelmintic resistance ARhave their limitations.

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These tests are typically labour-intensive, time-consuming and expensive, thereby limiting their application in veterinary diagnostic laboratories, field-testing on-farm or for large-scale surveillance.

Another complicating factor is that grazing ruminants are typically infected with multiple helminth species parasitic helminth infection the same time, with some species being more pathogenic than others parasitic helminth infection. Haemonchus contortus.

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The use of parasitic helminth infection immunological and DNA-based technologies offers the potential parasitic helminth infection rapid multi-species diagnostic applications, thus reducing costs and enabling diagnosis at a scale suitable for large-scale monitoring purposes.

These technical advances in diagnostic capability will be complimented by optimization and standardization of faecal egg counting methods for detection of parasitic helminth infection infections and for identification of AR in worms and fluke in the field. Objectives To develop rapid, high-throughput diagnostic tests for the detection and quantification of the key gastrointestinal nematodes GIN and fluke in cattle and sheep.

Each antigen was covalently coupled to carboxylated magnetic beads and tested in different concentrations to determine optimal concentrations. Standard curves using a wide range of positive serum samples for the respective parasite species were established and cross-reactivity assessed. As a prerequisite for this, a simplified protocol link extracting DNA from eggs derived from faecal samples was developed [1].

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Initially, probe parasitic helminth infection was conducted using the 28S rRNA, a target region known for its low genetic variation within different isolates of the same species. Specificity of probes was tested in a Reverse Line Blot hybridization assay. Optimal conditions for probe-sample binding were determined and modifications made where necessary to the stringency washing procedure to enhance probe parasitic helminth infection. The method was evaluated for sensitivity and specificity and compared with routine PNA lectin staining of Haemonchus eggs and the equivalent real-time PCR protocol.

Samples were derived from experimentally infected cattle and field samples from South America, Europe and Australia.

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SNPs at all three positions codonsand were detected and quantification of BZ-R status, as determined by allele frequency, was possible. The newly developed assays have been used for a small-scale BZ resistance survey on cattle farms here Belgium, Ireland and Germany in For sheep nematodes, species-specific pyrosequencing assays have been developed for the key GIN species, namely H.

Field samples faeces from sheep were collected as part of the spatial sampling strategy on ovine farms in Ireland, Italy and Switzerland WP3. Representative samples were collected in both and and from the same farms where possible.

Adapting FEC for large-scale monitoring: Existing knowledge of the error structure of FEC, including pooled FEC, was used to generate a statistical framework for FEC observations, based on well-grounded assumptions of parasite over-dispersion between parasitic helminth infection animals within a herd or flock, and Poisson error in egg counts [4]. This framework was applied to predict FEC and associated inaccuracies, under various combinations of variables. Outcomes were predictions of how FEC sample design affects performance, and, equivalently, optimised protocols for different aims and demands.

The viability of pooled FEC as a reflection of underlying mean group FEC was challenged experimentally by comparing pooled and mean individual FEC across a range parasitic helminth infection groups of sheep, goats and cattle in the different participating countries. FECRT for field-testing of anthelmintic efficacy in GIN and fluke: The statistical framework above was extended to examine the performance of different FEC regimes in detecting poor anthelmintic efficacy.

A number of in silico parasitic helminth infection were undertaken, in sheep and cattle, using pooled and individual FEC, and using different FEC methodologies.

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Pooled FECs were applied alongside individual FEC to detect anthelmintic article source in the field, to determine whether pooled FEC could contribute to more affordable monitoring of drug efficacy on farms in Europe. Especially for F. Results indicate the prevalence of lungworm to be relatively low across all 4 countries range, The new test offers advantages over existing tests in terms of speed and throughput and parasitic helminth infection able to simultaneously test for 3 key species using the same sample set.

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The assay can detect H. Benzimidazole resistance survey in cattle and sheep: The results from the BZ-R survey are shown in Fig. Following key findings were made: i for cattle, BZ resistant allele frequencies were relatively low max. Adapting FEC for large-scale monitoring: Literature surveys collected realistic values for variables governing FEC accuracy, such as degree of FEC aggregation in groups of grazing animals: moment estimates of negative binomial parameter k varied widely but clustered between 0.

The statistical modelling revealed that the number of animals included in pooled Parasitic helminth infection had a dominant influence on parasitic helminth infection accurate estimation of the true underlying group mean FEC. A minimum of individual samples is needed under normal circumstances, here more at higher levels of aggregation.

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Dilution factor was important see more some circumstances e. The parasitic helminth infection and uniformity of faecal samples taken for pooling was not as important. Field data showed that pooled FEC provided highly representative estimates of group mean individual FEC in sheep, goats and cattle. FECRT for field testing of anthelmintic efficacy in GIN and fluke: FECRT design was explored using statistical modelling, and dilution factor shown to be of crucial importance, alongside the number of individuals sampled, in the accuracy of FECRT results in relation to known underlying in silico drug efficacy parasitic helminth infection, 8].

Through members of the consortium, these findings are being fed into updated international standards for the detection of drug resistance in helminths of veterinary importance.

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Pooled FEC were shown to be robust, in theory and in the field, as indicators of anthelmintic resistance, though interpretation could be difficult in cases of parasitic helminth infection resistance [9].

Conclusions WP1 has developed novel high-throughput and species-specific diagnostic tests to detect GIN and fluke infections in ruminant livestock parasitic helminth infection to determine anthelmintic resistance status of the most important species. These parasitic helminth infection been extensively validated using experimental and field-derived material and deployed to survey GIN and fluke in key European regions.

These technological advances have been complimented by simplification and standardisation of routine faecal egg counting methods, based on robust statistical sampling and interpretation criteria for large-scale monitoring and surveillance purposes.

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Taken together, this panel of new and improved tests enhances our diagnostic capabilities for detecting and monitoring the impacts of global changes on helminth parasites in ruminant livestock in Europe and beyond. Practical outcomes A novel immunoassay has been developed, which offers researchers the ability to simultaneously detect antibodies produced against C. This assay is characterised by high sensitivity, specificity and parasitic helminth infection, and has obvious potential for high-throughput screening and automisation.

A prototype DNA-based assay for GIN species identification and quantification of cattle and sheep GIN, based on faecal samples, has also been developed, using the same diagnostic platform.

A panel of species-specific pyrosequencing assays has been developed for the major GIN species infecting cattle and sheep and deployed to survey benzimidazole resistance parasitic helminth infection key European regions. parasitic helminth infection

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Sampling strategies and protocols for composite FEC have been devised for large-scale GIN and fluke monitoring, including parasitic helminth infection of drug efficacy, and an online calculator developed for robust interpretation of FECRT data. Scientific output and references [1] Demeler J, et al Discrimination of gastrointestinal nematode parasitic helminth infection from crude fecal egg preparations by inhibitor-resistant conventional and real-time PCR.

PLoS One.

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Veterinary Parasitology ; [3] Demeler, J, et al Benzimidazole resistance survey including Haemonchus, Teladorsagia and Trichostrongylus sp. Veterinary Parasitology in preparation [4] Bosco A, et al The contribution of simple random sampling to observed variations in faecal egg counts. Acta Parasitic helminth infection 59, International Journal for Parasitology 44, WP 2 - Parasite transmission models Work parasitic helminth infection leader: Eric Morgan, Vice-leader: Jan van Dijk Background Effective intervention against parasitic disease is temporally sensitive, relying on the coincidence of animal grazing with infective stage availability.

The timing of treatment and other actions, including grazing practice and diagnostic monitoring in support of targeted parasitic helminth infection strategies, is therefore very important to the outcome in terms of the reduction of disease challenge and selection for anthelmintic resistance.

Moreover, one of the main effects of climate change on parasite epidemiology is likely to be the altered seasonal availability of infective stages.

Therefore, comprehensive modelling approaches are needed that consider temporal patterns of infection, by building and populating mechanistic representations of the life-cycles of the major helminth species.

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Model components should explicitly incorporate climatic stochasticity, forage availability and utilisation, and variation in farm management at the regional level. Outputs can be extended to global change scenarios through variation in climate, farm systems parasitic helminth infection parasite biology, as well as, potentially, parasite adaptation.

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The extent to which parasite adaptation to changes in climate and management will affect their control has barely been considered in trichostrongyles beyond drug resistance. Explicit prediction of the timing of helminth transmission by realistic models is needed to optimise control parasitic helminth infection.

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Such models could be applied on farms as decision support tools, and to horizon-scan for disease threats by industry and animal health authorities and to guide policy at national and supra-national levels. Objectives To assemble, run and validate process-based transmission models of parasitic helminth infection major helminth species, supporting future control strategies for Europe under climate change scenarios.

Specifically: i Estimate key parameters for transmission and economic models, using systematic review and experimental studies of the effects of climate on environmental stages; ii Parasitic helminth infection the models by taking into account projected changes in grass growth and farm management patterns in Europe, and parasite adaptation through trait evolution; iii Construct temporal models of parasite transmission that use these data to predict the seasonality and pressure of infection in grazing livestock; parasitic helminth infection Investigate strategic control options under climate change scenarios, linking to WP4; v Validate predictions.

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Materials and methods Model frameworks were developed by extending previous attempts, incorporating refined representations of the ecology of the free-living parasite stages, capacity to include climatic stochasticity and climate change scenarios. Parameters were estimated from the literature and unpublished data, parasitic helminth infection knowledge gaps used with model sensitivity analysis to target further experiments.

A series of experiments were conducted to provide missing parameters for the models. Farm parasitic helminth infection data such as grazing season length were compiled from existing databases and new questionnaire surveys, and used to add realism to model exploration of current and future parasite epidemiology.

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The capacity of the target parasites to adapt to climate change was assessed by laboratory comparison of key climate-related performance indicators between populations in northern and southern Europe. Model outputs were validated using previously available and new longitudinal field data, and used to explore changing patterns of infection under global change parasitic helminth infection, along with potential mitigation measures.

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The economic impact of helminths in ruminants in Europe was estimated by systematic review and meta-analysis. Results Model frameworks were developed to predict parasite transmission patterns under current and future climate and management.

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Process-based transmission models that predict temporal seasonal and parasitic helminth infection variation in levels of infection are needed to provide useful support for parasite control strategies.

The over-arching objective of WP2 was to develop models to predict parasite challenge and transmission patterns at parasitic helminth infection level in Europe, given assumptions of current and future grazing management and parasite control.

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These can eventually be used to provide decision support for parasite control under various scenarios. Model frameworks were developed for the target nematode species.

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Two generalised, complementary model frameworks were developed to simulate the population dynamics and transmission of gastrointestinal nematodes parasitic helminth infection sheep and cattle. The models were adapted for the key target species H.

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Predictions were validated using data from the literature and new field data collected during the project. There was an interaction between increased temperature-dependent development and parasitic helminth infection rates and moisture limitations during the summer months which resulted in a net decrease in populations of nematodes on pasture [1].

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Parasitic helminth infection of models against independently collected data is a vital component in their development. The parasitic helminth infection magnitude of exposure to infective larvae was compared with the antibody levels measured in bulk-milk samples during the EU FP6 PARASOL project, which are also representative of exposure. There was no significant association between measured antibody levels and AUC for simulations using only climate, but there was a positive association between ODR and AUC when management was included.

The models were also validated against new data from plot trials in the Swiss Alps, in which an elevation gradient acted as a surrogate of climate warming.

Plots were seeded with faeces containing H. Infective larvae were recovered at 2,m altitude, even though this was predicted not to occur based on local air temperature.

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This result suggests that the microclimate at the soil surface could be important to larval development and should be measured for local application parasitic helminth infection transmission models.

The model frameworks provide tools to explore the impact of management strategies on parasite populations and subsequent infection pressure.

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Simulations using the GLOWORM-FL framework were used to assess the likely impact of climate and helminth treatment strategies on the population parasitic helminth infection drug-susceptible nematodes on pasture refugia at the time of spring turnout of lambs, and therefore qualitatively assess the risk of development of anthelmintic resistance.

Results differ markedly when using different climate scenarios and are not presented in detail here. Parasitic helminth infection, the models can be easily adapted to different climatic and management assumptions, and will provide a strong basis for assessing likely effects of different intervention strategies on infection patterns and the effectiveness of refugia generated by TT and TST strategies.

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Example model output, tracking the seasonality of individual stages in the life cycle. The model captures expected seasonality and can be refined and applied to management scenarios. A bespoke model here devised to predict hatching of infective larvae of the nematode Nematodirus battus at pasture.

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A simple degree-day model was built using experimental data from the literature, and applied to provide a regional hatching date forecast for the UK.

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Better understanding of the climate-dependence of helminth development, survival parasitic helminth infection translation onto herbage is needed to support transmission models that are accurate and useful in meeting the challenges of global change.

Parasitic phase parameters were reviewed for the nematodes of cattle, O.

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The main parameters determining parasite density during the parasitic phase were estimated. A systematic review was performed covering studies from toin which helminth-naïve calves were artificially infected with O.

The database was further extended with results of unpublished trials [2]. Parameters for the free-living stages of keystone nematode species were estimated from the literature [1]. Effects of temperature on the development and survival of larvae of H. Significant gaps parasitic helminth infection the literature were identified, especially for temperature effects in other species, and effects of moisture on larval availability. Sensitivity analysis of the transmission model was used to rank parasitic helminth infection based on their predicted effect on larval availability, taking into account ranges of uncertainty.

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Parameters parasitic helminth infection the free-living stages of Fasciola hepatica were reviewed, and important gaps were similarly identified and prioritised for experimental study. These included survival of the free-living stages, development of and within snails, and effects of environmental variables other than temperature.

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Experiments were conducted to improve knowledge of parameter values for entry into the models, and to parasitic helminth infection understanding of the biology of the free-living stages of the target helminth species.

Laboratory here focused especially on the effects of moisture and rainfall on the availability of infective nematode larvae and fluke metacercariae.

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